辦理農村醫療保險的程序包括：個人申請農村居民攜帶戶口簿、二代居民身份證原件和復印件到戶籍所在地村委會提出參加農村醫療保險申請，選擇繳費檔次，填寫《新型農村社會醫療保險參保登記表》一式二份。

(第二)村協理員檢查村協理員負責檢查相關材料是否齊全，檢查無誤后，簽字蓋章，上報鄉鎮勞動保障事務所。

(第三)鄉鎮初審鄉鎮勞動保障事務所對村里上報的參保登記有關資料進行初審，審核無誤后，經辦人員在《參保登記表》上簽字，上報縣農保中心。

(第四)縣農保中心復核縣農保中心收到的鄉鎮上報來的參保登記有關資料及時進行復核，無誤后，對鄉鎮勞動保障事務所錄入的參保人員基本信息進行確認，為參保人員建立個人賬戶；在《參保登記表》簽字、蓋章，將有關材料歸檔備案。